A vigilância foi reforçada em todos os portos, aeroportos e fronteiras do país, informou o ministro da Saúde, Onyebuchi Chukwu.
Desde fevereiro, mais de 660 pessoas morreram de ebola na África ocidental na maior epidemia da doença já registrada.
O vírus surgiu no sul da Guiné e rapidamente se espalhou para a Libéria e Serra Leoa.
Monitoramento
O liberiano de 40 anos desmaiou logo após desembarcar na Nigéria e chegou a ser levado para o hospital antes de falecer.
Chukwu confirmou que todos os outros passageiros que estavam no mesmo voo estão sendo monitorados.
O paciente não teria tido contato com o público enquanto estava sendo transferido para o hospital, acrescentou o ministro da Saúde.
O vírus do ebola mata, em média, 90% dos infectados e é altamente contagioso. Ele se espalha por fluidos corporais, como sangue e suor.
Pacientes têm mais chances de recuperação se são tratados nos estágios iniciais da infecção.
O alerta vermelho na Nigéria ocorre em meio a uma operação em Serra Leoa para tentar localizar uma mulher de 32 anos, infectada com ebola.
Ela teria sido removida à força por parentes de um hospital na capital Freetown e foi descrita por uma rádio local como "um perigo para todos".
No início desta semana, foi divulgado que o médico que lidera a luta contra a doença em Serra Leoa contraiu o vírus.
Na quinta-feira, a Organização Mundial da Saúde anunciou que o ebola fez 219 vítimas no país.
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Samuel